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Linux笔记

Linux shell合并fastq测序数据/批量fastqc小脚本|merge|multiqc

合并fastq测序数据不同泳道的同一个样品测序数据经过质量检查QC后是可以合并的。本例中文件命名情况如下：示例文件名：83b_S156_L004_R1_001.fastq.gz，其中83b_S156是样品名，L004是泳道，R1是正向序列。这时候只需要用这个小脚本即可：ls *R1* | cut -d _ -f 1,2 | sort | uniq……